Desde que volvió a jugarse la Copa Argentina en 2011, Independiente superó la primera fase en las seis ediciones que disputó. No obstante, hay que tener en cuenta que los emparejamientos en esta instancia siempre fueron con equipos de divisiones menores que, en más de una oportunidad, pusieron al Rojo en aprietos. Copa Argentina 2011-2012 - Primera Fase Independiente 4 - Colegiales 0 (23 de noviembre de 2011) En paralelo con un discreto Torneo Apertura 2011 en el que el Rojo terminó en mitad de tabla, se produjo el regreso a esta competencia interdivisional ante un equipo de la B Metropolitana: Colegiales. Con un once que alternó titulares y suplentes, el equipo dirigido por Ramón Díaz no tuvo inconvenientes ante un rival de una jerarquía mucho menor y lo goleó con tantos de Parra, Ferreyra, Churín y Nieva. En la siguiente instancia fue eliminado por Belgrano de Córdoba. Formación: Hilario Navarro; Cristian Baez, Julián Velázquez, Leonel Galeano; Hernán Fredes, Gabriel Valles, Nicolás Delmonte, Osmar Ferreyra, Lucas Villafañe; Diego Churín y Facundo Parra. DT: Ramón Ángel Díaz. Copa Argentina 2012-2013 - Primera Fase Independiente 1 (4) - Boca Unidos 1 (2) (22 de mayo de 2013) El Rojo tenía la cabeza puesta en el torneo local, en el que buscaba la permanencia en Primera División. Sin embargo, el calendario lo obligó a jugar por Copa Argentina tres días después de aquel 3-1 ante San Martín de San Juan en el que Juan Fernando Caicedo convirtió dos goles. Por este contexto, Miguel Ángel Brindisi presentó un equipo con mayoría de juveniles para enfrentar a los correntinos en Chaco. El Rojo clasificó por penales y luego quedó afuera ante Arsenal. Formación: Hilario Navarro; Gonzalo Contrera, Segio Ojeda, Eduardo Tuzzio, Lucas Villalba; Fabián Monserrat, Víctor Zapata, Juan Manuel Trejo; Leonel Miranda, Lucas Villafañez; Raúl Millañanco. DT: Miguel Ángel Brindisi. Copa Argentina 2013-2014 - Primera Fase Independiente 4 - Santamarina 2 (9 de abril de 2014) Al igual que el año anterior, la copa no era prioridad: Independiente necesitaba sumar en las últimas 10 fechas de la B Nacional para regresar a primera, por lo que enfrentó a los tandilenses con varios suplentes. Esta vez, sin embargo, no sufrió: ganó 4-2 con dos goles del Pocho Insúa y se metió en 16vos. Su futuro en la copa fue apenas un poco mejor que en las dos ediciones anteriores: si bien le ganó a Belgrano, luego fue eliminado por Estudiantes en octavos. Independiente: Fabián Assmann; Néstor Breitenbruch, Nicolás Figal, Samuel Cáceres, Claudio Morel Rodríguez; Reinaldo Alderete, Fabián Monserrat; Matías Pisano, Leonel Miranda, Federico Insua; Cristian Menéndez. DT: Omar De Felippe. Copa Argentina 2014-2015 - Primera Fase Independiente 1 (4) - Alianza de Coronel Moldes 1 (1) (26 de abril de 2015) El equipo dirigido por Almirón empezaba a generar dudas: si bien el funcionamiento era similar al de 2014, los resultados no eran tan buenos y en pocas fechas el Rojo ya había quedado muy lejos de la pelea por el campeonato. Tres semanas antes de la derrota ante Racing que marcó el final de su ciclo, el DT sufrió ante un débil rival del Torneo Federal B: empató el marcador a falta de cuatro minutos y terminó clasificando en la definición por penales. Luego, el Rojo venció a Español y en octavos fue eliminado por Lanús. Independiente: Germán Montoya; Néstor Breitenbruch, Mauricio Victorino, Víctor Aguilera y Emiliano Papa; Gabriel Graciani, Franco Bellocq y Lucas Villalba; Claudio Aquino; José Valencia y Martín Benítez. DT: Jorge Almirón. Copa Argentina 2015-2016 - Primera Fase Independiente 2 - San Telmo 1 (4 de mayo de 2016) Cuatro días después de perder con San Lorenzo y quedar sin chances en aquel torneo que tuvo dos zonas de 16 equipos, el Rojo puso lo mejor ante San Telmo por Copa Argentina. Si bien clasificó sin problemas, no dejó una imagen tan buena ante un rival de menor envergadura. Los goles de Fernández y Aquino le dieron el triunfo frente al Candombero, que buscó defenderse a lo largo de los 90 minutos. En la siguiente instancia, el Rey de Copas fue eliminado por Defensa y Justicia. Independiente: Martín Campaña; Gustavo Toledo, Emanuel Aguilera, Víctor Cuesta, Nicolás Tagliafico; Martín Benítez, Jorge Ortíz, Diego Rodríguez Berrini, Claudio Aquino; Germán Denis y Leandro Fernández. DT: Mauricio Pellegrino. Copa Argentina 2016-2017 - Primera Fase Independiente 0 (5) - Camioneros 0 (4) (17 de mayo de 2017) En la semana posterior al 2-0 a Racing con goles de Rigoni y Meza, el plantel que terminaría ganando la Copa Sudamericana 2017 enfrentó a Camioneros en el estadio de Quilmes. Si bien el Rojo guardó titulares para la Primera División y la Copa Sudamericana (dos semanas después viajaba a Perú para definir la clasificación con Alianza Lima), presentó un equipo muy superior al rival, del Federal B. A pesar de que generó muchas ocasiones de gol, Independiente no pudo convertir (le anularon mal un gol a Albertengo) y terminó clasificando por penales. En la siguiente instancia, los dirigidos por Holan cayeron ante Atlético Tucumán. Independiente: Martín Campaña; Gustavo Toledo, Julián Vitale, Néstor Breitenbruch, Juan Sánchez Miño; Leonel Álvarez, Walter Erviti; Lucas Albertengo, Maximiliano Meza, Domingo Blanco; Leandro Fernández. DT: Ariel Holan.